但是，富田长繁将鱼住氏灭族也招来了民众的反弹。其他的旧朝仓家臣在与他会面时都加强了警备，富田长繁开始被孤立。
现在幕府主力集结在京都，而近江众的主力正在攻打若狭的国吉城，伊势众主力防备长岛一向宗和尾浓的织田信长，短时间内，幕府抽调不出兵力支援越前，越前内部，富田长繁成为了实际的支配者。
富田长繁在领内发布三条禁制，试图确立这种支配权。这些法条禁止国中屋钱赋课，允许土民直诉，试图得到民众的支持。
但是，富田长繁同时把弟弟送到京都孝信那里做人质以寻求支持，孝信也顺水推舟给了他越前守护的朱印状。
这件事使得一揆众与富田长繁反目，一向一揆的总大将，本愿寺加贺代官下间赖照和主战派军师七里赖周自加贺金泽来到了越前。一向宗对朝仓旧臣的攻击开始了。
参加讨伐富田长繁的一揆势到达越前国时聚集了十四万。
五月间旧朝仓土佐守馆的毛屋猪介、片山馆的増井甚内助被杀。
随后在府中的富田长繁开始被一揆势包围。
府中城南方聚集了一揆势两万万在今庄汤尾峠布阵。
西方一揆势三万五千人在鲭江布阵。北方的一揆势五万在浅水北之庄集结，东方的一揆势先锋三万三千人，推进到府中城东面日野川帆山河原。
可富田长繁不是一般人，他虽然年轻但也是一位骁勇善战的猛将！被逼至绝境的富田长繁下达了突击命令。
次日早晨，富田长繁军渡过日野川，对距离府中最近位置——帆山河原布阵的一揆势两万人人进行了袭击。
富田长繁的军势七百多人，抱着必死的觉悟，士气高昂，势如破竹，顽强地追击了敌人两三里，帆山河原的一揆势被杀得溃败，富田长繁军回到府中城时取得三千左右的首级。
凭借着这场胜利，富田长繁重新恢复势头，同一天承诺「永代三千石」的赏赐、动员了府中町众和一向宗三门徒派（与本愿寺派对立的一向宗门派）总计六千五百人加入己军。
在第二天再次出阵，目标是夺取北之庄城，北上推进到鲭江，与七里赖周的南下的门徒，在浅水附近发生激战。
增兵后的富田军在数量上仍然处于劣势，但凭借丰富的经验，富田长繁发现土一揆众的战斗力并不强，军阵不太紧密，各阵之间几乎是各自为战，他当机立断，亲率勇猛善战的部队突击，人数占优的一揆势被他的气势所压倒，再次败北。
一揆势的先锋崩溃，本就是乌合之众的信徒们开始逃跑，一揆军混乱四散，富田军再次取得了胜利。
主战场的战事还未爆发，越前的战事就给石山本愿寺这边蒙上了一层阴影。
但是孝信知道，富田长繁最终的命运，他派人告诉武田太郎和蒲生贤秀，尽快解决国吉城的粟屋胜久，随后领兵进入敦贺郡阻拦加贺越前两国的土一揆众。
自四月初，武田太郎领兵征讨若狭国以来，国吉城已经被围困了快一个月，国吉城内，兵粮就快消耗殆尽，储存的水量也所剩无几。
旷日持久的守城，早就已经让城内的守军身心疲惫，但是城外的武田军就不一样了，武田军在城外三处建立了砦子，海上还有逸见昌经的水军众严防死守。
武田军们可以轮流看守国吉城，幕府通过琵琶湖可以给武田军送去补给，商人们也可以通过便利的水路前去做生意。
所以武田军围困了国吉城近一个月，士气并未低落太多。
这一日，武田太郎和蒲生贤秀都收到了将军孝信的御内书，武田太郎立刻召集所有的武将，他一脸严肃道：“我军围困国吉城近有一月，耗费钱粮近万贯！不过是攻打一座千人的小城，还要打多久？即便是几个月后打赢了，也让人笑话，现在我给大家一个期限，五日内，必须拿下国吉城！”
有了武田太郎的最后通牒，武田军立刻动员起来，投降的逸见昌经，武藤景久，熊谷父子等若狭众也纷纷带兵加入攻城序列。
粟屋胜久也没想到武田军在围困了近一个月后发起了猛攻，晚上还打着火把攻城，这下城内守军的伤亡迅速增加，士气更是降到了谷底。
武田军经过两天两夜的猛攻，终于打到了国吉城下，粟屋胜久依然没有投降，他最近虽然断了消息，但他知道本愿寺已经起事，武田孝信绝不会让近两万武田军在国吉城下被拖着，他需要继续坚持！
武田军军阵内，蒲生贤秀有些苦恼道：“世子殿，最近伤亡太大了，将士们有些怨言…”
武田太郎瞪眼喝道：“把带头的人找出来，军法处置！”
他起身道：“既然粟屋胜久还要坚持下去，那我便顺他的意，羽木大人，让你铁炮队上去，把所有的焙烙火矢打光，烧了国吉城！”
这座国吉城虽然是坚城，但并不是石头城。
武田太郎毕竟是孝信亲手带起来的，因此太郎总是会学习孝信的作战风格，在围困国吉城的这段时间，武田太郎想到了用火攻拿下国吉城的想法，只是他觉得有些狠辣，所以没有实施。
但是现在，他的父亲亲自给他下达了御内书，这让武田太郎等不下去了，他现在得不惜一切代价拿下国吉城，前往越前！
武田太郎的命令让逸见昌经等人吓了一跳，逸见昌经急道：“世子殿，那城内还有不少人…”
武田太郎看向逸见昌经，问道：“你的意思是，要我对敌人手软吗？”
逸见昌经有些心虚道：“是在下说错了话。”
武田太郎环视众人道：“我已经给过粟屋胜久机会了，是他要顽抗到底，攻取此城，不只要损伤多少我武田家的儿郎？为了诸位的性命，这一切的业火自有我来承担，诸位无需害怕！”
羽木孙五郎立马起身道：“世子殿何出此言？此事自然是在下一力承担！”
他立刻离开武田本阵，率领铁炮队登山，随后对着国吉城发射所有的焙烙火矢，国吉城陷入了一片火海之中。
粟屋胜久站在本丸的橹楼内，看着城外的风景，接着在大火之中拔刀自尽，粟屋一族尽被大火吞噬。
武田太郎拿下国吉城，将若狭最后一块地方平定，他留下平井定武等人驻守小浜城，后濑山城等，带着逸见昌经，熊谷父子等三千若狭众，与一万七千武田军一起进入敦贺郡内。
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