小新几人来到了鲳鱼镇，在镇上小新几人去精灵中心检查了精灵，然后到了港口，买到了去银岩岛的船票。
小新几人上了轮船，来到船上的甲板，看着风和日丽，波光粼粼的大海，吹着海风。小新几人把精灵放出来玩耍了一番。随着时间的过去，小新一行人来到了银岩岛，小新几人走了没有多久，出现了一个推销产品的骗子，突然来了一个大姐姐帮助小新几人赶跑了骗子。
小新几人跟着大姐姐来到了百货店，各自介绍了一下自己，小新几人知道了她是叫做百合子。小新几人想要了解银色之翼的事情，百合子带着小新几人来到了一个叫做新太郎的家里。
来到了新太郎的家里，知道了百合子和新太郎是男女朋友，百合子店里面的装饰品都是新太郎制作的，小新几人问起了银色之翼的事情，新太郎讲了一个故事。随后邀请小新几人在他家里住宿，小新几人欣然接受了。夜晚，新太郎没睡觉，在后院制作银色之翼的胸针，准备送给百合子做明天的生日礼物。小新几人知道后，帮助新太郎求婚百合子。2人互相喜欢，最终成功了。
小新几人感谢了新太郎和百合子几天的照顾，朝着冲岛出发了。穿越了海底隧道，小新几人来到了冲岛，小新几人遇到了熟人阿弘，一番对话后，阿弘也在寻找神秘的精灵。
小新几人和阿弘来到了一个无人小岛，在无人做到上遇到了一个小弟弟和他的精灵电灯怪。小新几人和小弟弟各自介绍一下，知道这个小弟弟叫做修一，冲岛人，经常来到无人小岛玩耍。
火箭队的南博博士在寻找着各种神秘的精灵，在无人小岛遇到了修一和洛奇亚再一起。派出了火箭队抓捕人员抓捕洛奇亚。小新几人也发现了火箭队还有神秘精灵洛奇亚。小新查看了精灵数据。
精灵：洛奇亚
性别：雄
资质：一级神
特性：气压
等级：50级
实力：三级神
属性：超能力、飞
技能：吹飞，气象球，起风，龙之冲锋，神通力，求雨，水炮，空气爆破，惩罚。
小新几人放出了精灵击退了火箭队，露佳小姐刚好也来到这里，和小新几人一起交流了起来。小新几人在橘子群岛遇到过洛奇亚。
——回忆篇——
小新几人打过了常磐道馆，板木控制的超梦有了自己的意识，超梦破坏了火箭队的基地逃跑了，超梦遇到了小新几人，超梦控制了乔伊小姐来到了一座岛屿，派出了快龙邀请了小新几人和很多训练家来到了岛屿上和自己还有火箭队制造的基因精灵，小新一行人和超梦展开了激烈的对战，超梦由于是制造出来精灵，对人类很有憎恨，超梦想要控制小新几人和所有的训练家。这个时候梦幻出现了，梦幻拯救了小新几人和其他训练家，小新查看了精灵数据。
精灵：梦幻
性别：雌
资质：超神兽
特性：同步
等级：100级
实力：二级神
属性：超能力
技能：拍击，镜子系，变身，百万吨拳击，幻想术，指挥功，障碍，原始之力，瞬间失忆，先抢先赢，接棒，诡计，波导弹。
超梦和梦幻展开了大战，小智拯救了超梦和梦幻的大战，被2只神兽攻击的快死了，不管精灵还是基因精灵都留下了眼泪。那些眼泪好像有生命之力拯救了快死的小智，超梦明白了自己生存的意义，超梦和梦幻带着基因精灵去寻找自己生存的场所。
小新也知道了自己实力不够，准备去提升自己的实力，抓捕一些神兽保护自己的家人和自己的精灵。
—-回忆篇2—-
小新几人在橘子群岛持续旅行，小新几人坐着小绿船来到了亚细亚岛屿，在这个岛屿上遇到了一群保护神职精灵的守护者小优和其他人，岛屿上遇到了巫女芙露拉，岛屿上正在举行庆典，大家自我介绍后，岛屿庆典的长老告诉小新一行人可以和海之神保护世界的勇者可以平息神职精灵的怒火，认定小新几人就是勇者。
在这个岛屿上有只聪明的河马王守护着火之神，雷之神，冰之神。
有个邪恶的收藏家正在抓捕火之神火焰鸟，坐着科技完美的机器大城堡抓捕到了火之神火焰鸟，三只神职精灵的平衡被破坏了，闪电鸟朝着火焰鸟的岛屿前进，小新几人看到了天气的变化也朝着神职岛屿前进，邪恶的收藏家再次抓到了雷之神闪电鸟，小新几人也被抓到了大城堡里面，邪恶收藏家让小新几人自由的观看自己的收藏。这个时候冰之神急冻鸟也出现了，邪恶收藏家再次准备抓捕冰之神急冻鸟。
小新查看了精灵的数据。
精灵：火焰鸟（火之神）
性别：雄
资质：二级神
特性：火焰之躯
等级：100级
实力：二级神巅峰
属性：火、飞
技能：火花，喷射火焰，火焰漩涡，啄，翅膀攻击，羽栖，暴风，热风，高速移动，原始之力，空气斩，大晴天，日光术，勇鸟等
精灵：闪电鸟（雷之神）
性别：雄
资质：二级神
特性：静电
等级：100级
实力：二级神巅峰
属性：电、飞
技能：啄，电击，电磁波，看穿，原始之力，充电，打雷，十万伏特，求雨，光墙，羽栖，磁场操控等。
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