因此，对盟军舰队来说，每艘战斗舰艇都是非常宝贵的。在“威尔土亲王”号和“反击”号被击沉后，远东盟军水面舰艇部队中最大的军舰就剩下一艘重巡洋舰了。
盟军的潜艇部队虽然进行了抗击，但是战果甚微。12月，美军有28艘潜艇对日军驶往菲律宾的登陆输送队先后进行31次袭击，发射66条鱼雷，仅仅击沉日本舰只2艘。
美潜艇部队的袭击活动很不顺利。美潜艇虽然占领了有利的鱼雷发射阵位，但是发射的鱼雷不是未命中目标，就是过早爆炸。这说明美国海军的鱼雷在设计方面存在严重缺陷，因而没有击毁日本的运输船只，未达到迟滞日军行动的目的。
12月21日，日军登陆部队为攻占马尼拉而在仁牙因湾登陆。当时，美潜艇因备品不足，没有一艘能够参加保卫仁牙因湾的战斗。日登陆部队在严密的警戒下，于仁牙因湾内巧妙地利用浅滩水域和暗礁等天然条件，阻止美潜艇对它进行袭扰。
只有S-38号潜艇大胆地突破其警戒线，击沉1艘即将进入锚地的运输船。“海豹”号潜艇对一艘开往登陆地域的小型货船进行了鱼雷攻击。
由于日军对马尼拉附近基地的威胁日益增大，盟国海军部队主动撤离。约翰.威尔克斯海军上校指挥的亚洲舰队潜艇部队，首先撤至达尔文港，后来又转移到弗里曼特尔在澳大利亚西南海岸。只把“卡诺珀斯”号潜艇供应舰留在马尼拉湾，以保障潜艇继续作战。
这支潜艇部队除继续进行巡逻外，还须担任撤退任务和补给任务。这就是说，潜艇必须协助有关单位把平民百姓和重要军事人员转移到其他地方，从被围困的巴丹半岛和哥黎希律岛撤出某些财物，以及为逐渐减少的守备部队运送粮食、医药和弹药等补给品。
最先执行这项任务的是“海狼”号潜艇，它先送37吨弹药，后送25名陆海军飞行员、“卡诺珀斯”号潜艇供应舰上的一部分重要潜艇备品和16条鱼雷。
在爪哇海作战期间，潜艇虽未取得什么战果，但美军已着手建立潜艇巡逻区，并开始改进潜艇战术。
初期，潜艇通常在潜望深度实施昼间攻击。为了不被对方发现，只伸出潜望镜作短暂的观测。采用这种攻击方法时，只使用噪音测向器材而不使用回音水声器材，以免暴露自己的位置。
最初的潜望镜不能准确地测出目标距离，而声纳只能提供目标的方位。因此，潜艇艇长实施鱼雷攻击时往往忽视距离这个因素。不久，潜望镜上安装了测距装置。
潜艇艇长还知道，偶然用一下声纳测定距离，还不至于暴露自己的位置。能够准确测定目标的距离后，美国潜艇就可以实施较有把握的鱼雷攻击了。
这时，德国潜艇已经开始采用夜间水上攻击的战术，但是，美国海军仍把潜望镜深度的昼间攻击作为潜艇的基本战术。为使空中侦察难以发现，美国潜艇的艇壳上涂黑色迷彩，这对夜间在水面活动的潜艇起不到多少伪装作用。
加之没有夜间使用的性能良好的潜望镜，天黑后，潜艇就难以在潜望深度实施攻击。后来的经验证明，艇体的两舷涂上灰色的亮漆，对夜间行动具有很好的伪装效果。
有了性能良好并适于夜间使用的潜望镜，潜艇就容易在潜望深度实施夜间攻击了。可是，美国潜艇直到有了较准确的鱼雷射击自动计算器(TDC)，装备了性能良好的雷达，鱼雷的质量已有很大改进之后，才成为一种机动灵活的兵器，才不分昼夜地并且是很有信心地对日本舰船进行袭击。
日本向南侵略的范围越大，它的船只遭到美潜艇袭击的机会就越多。尽管如此，从袭击珍珠港到珊瑚海海战之前，日军舰船受到的损失并不算大。在这期间，盟军潜艇击沉的日本舰船仅有水面舰只3艘没有大于驱逐舰的舰只。潜艇2艘和商船35艘。但是在此之后，美国潜艇掌握了日本海上航运的规律，从而取得了很大战果。
日军把潜艇用于支援舰队作战，这在后世中途岛海战中表现得最为典型。在这次海战中，日军派遣潜艇单独活动，或在规定水域列成艇幕，以侦察美国舰队的行动，并对其进行截击。
当时，日军在珍珠港和中途岛之间配置了两个潜艇侦察艇幕，但日潜艇占领阵位的时间过迟，因而未能发现和截击美国的航空母舰编队。在这次海战中，唯有伊-168号潜艇取得了显著的战果，击沉了“约克城”号航空母舰和“哈曼”号驱逐舰。
部署在中途岛以西近海水域的美国潜艇部队，也未取得什么战果。在双方航空母舰交战时，美“鹦鹉螺”号潜艇向“加贺”号航空母舰发射了一条鱼雷，但未爆炸，它还误认为击沉了“苍龙”号航空母舰。当天夜间，重巡洋舰“最上”号和“三隈”号为了规避“坦波尔”号潜艇而进行机动时相互碰撞。“三隈”号受伤后，航速减低，成为美航空母舰舰载机的突击目标。
一直都重视潜艇发展的中华，在参战后，便有大量的潜艇进入太平洋。中华潜艇的发展还要追溯到一战时，中华拥有的第一艘作战舰艇，不是驱逐舰，而是潜艇。
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